消灭了曼哈顿博士后，整个末日世界似乎都安静了下来。
根据黑光军团在欧洲大陆获得的消息，共济会的高层们好像也因为这次的袭击，而陷入了某种混乱之中。
没过多久，他们就派出了一大批士兵，重新回到了已经变成了一片废墟的曼哈顿地下研究所，在那里建立了一片要塞，开始使用各种大型工程机械，将那里挖了一个底朝天。
罗斯将军猜测，这群人可能并不是为了寻找已经确定死亡的曼哈顿博士，而是为了找到，那颗来自太空的外星生命陨石。
毕竟，曼哈顿博士的智慧虽然世所罕见，但是却并非不可替代的，而那颗来自外太空的外星生命陨石，才是所有共济会高层们进化的唯一希望。
为了那颗陨石，他们甚至可以去做任何事情。
而这个世界上，除了亚历克斯自己以外，大概也只有耶稣等十名毒刺小队的成员才知道，那颗神秘的外星生命陨石，已经落到了人联组织的手中了。
对里昂来说，这是一颗极为烫手的山芋，他既不能将这个神秘的宝物，分享给未来可能会成为敌人的CRM，也不能让共济会的人知道，这个东西落在了他们手上，否则说不定就会引起所有共济会残余势力的觊觎，遭受围攻。
但是，放弃这个全世界独一份的宝物，放弃引起这个世界灾变的根源物品，对任何一个有理想的领袖来说，都是不可能的事情。
好在知道这件事的都是里昂最信任的下属，就连亚历克斯本人，也在里昂未来帮他恢复成正常人身体的诱惑下，也答应帮他暂时隐瞒下这个问题。
这也基本上算是免除了泄露这个消息的风险。
时间就这样悄悄的流逝着，少了曼哈顿博士以及他所管理的秘密研究所之后，共济会似乎放弃了进攻北美洲的想法。
甚至连整个欧洲大陆的共济会成员，似乎也因为失去了首领，而变得混乱了起来。
而没有了共济会进攻北美洲的危机之后，CRM公民共和国的罗斯将军，也不可能带领自己的军队，跨越整个太平洋，前往欧洲大陆去消灭那里的共济会成员。
就这样，又是两年过去了，在人联组织和CRM的盟友关系维持了接近三年之后，没了外部的强大压力，双方的关系也不再像过去那样亲密无间了。
虽然还保持着频繁的贸易关系，但是再也不可能像过去那样，将各自的技术以及装备，毫无保留的共享给对方了。
曼哈顿博士死亡的半年后，伊芙琳博士就带着她的团队返回了CRM，当然，她没有留下珍贵的外星生命陨石碎片，但是也没有收走其他的外星生命基因样本。
而在伊芙琳博士离开之后，人联组织中那些最值得被信任的研究员们，就被里昂召集了起来，同样获得了一块外星生命陨石
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